Sau khi hoàn thiện thu âm, Nirvana gửi các băng chưa master của album tới nhiều người, gồm Ed Rosenblatt, chủ tịch công ty mẹ của DGC là Geffen Records, và công ty quản lý của nhóm là Gold Mountain. Khi Michael Azerrad hỏi họ nhận xét thế nào, Cobain trả lời, "Người lớn không thích nó." Anh nói khả năng viết nhạc của anh bị chê là "không như mong đợi," âm thanh thì "không nghe nổi," còn dòng nhạc chính thống thì không chắc sẽ hoan nghênh âm thanh do Albini sản xuất.[59] Ngay từ đầu đã có rất ít người tại Geffen và Gold Mountain ủng hộ thu âm với Albini, và Cobain có cảm tưởng đây là một thông điệp ngầm bảo anh bỏ hết đi làm lại từ đầu. Cobain buồn lắm và bảo Azerrad, "Tôi nên thâu lại đĩa nhạc này và làm y như bọn tôi làm năm ngoái cho rồi vì năm ngoái bọn tôi bán hết sạch – giờ cố vớt vát tư cách nghệ sĩ cũng chẳng để làm gì. Tôi không cầm lòng được – tôi chỉ đang cho ra một đĩa nhạc tôi thích nghe ở nhà thôi." Tuy nhiên, vài người bạn của nhóm nhạc vẫn thích album, và đến tháng 4 năm 1993 thì Nirvana quyết phát hành In Utero đúng như bản gốc. Cobain nói, "Hiển nhiên họ muốn một Nevermind khác, nhưng tôi thà chết chứ không làm. Đây chính là loại đĩa tôi sẽ mua nếu là fan và thích được sở hữu."[60]

Nhưng các thành viên nhóm bắt đầu phân vân về âm thanh của đĩa nhạc. Thời gian này, Cobain thừa nhận, "Mới nghe nó ở nhà lần đầu là tôi biết ngay có vấn đề. Nguyên tuần đầu tiên tôi chẳng thích thú muốn nghe nó lắm, và chuyện này không thường xảy ra. Nó chẳng cho tôi cảm xúc gì, tôi cứ trơ ra."[61] Cả nhóm kết luận phần bass và lời nhỏ quá không nghe được nên nhờ Albini remix album. Nhà sản xuất từ chối, cho hay "[Cobain] muốn làm một đĩa nhạc cậu ta có thể đập xuống bàn mà nói, 'Nghe đây, tôi biết nó hay, và tôi biết các người chỉ lo lắng những chuyện không đâu, nên chấp nhận nó đi.' Và tôi nghĩ cậu ta thấy mình chưa đạt được điều đó ... Vấn đề của tôi là tôi sợ sẽ trượt dài đến thất bại."[62] Ban nhạc cố giải quyết lo ngại về album trong quá trình master nhạc cùng Bob Ludwig tại phòng thu của ông ở Portland, Maine. Novoselic hài lòng với kết quả, nhưng Cobain vẫn cảm thấy chưa hoàn hảo.[63]

Không lâu sau đó, vào tháng 4 năm 1993, Albini thổ lộ với báo Chicago Tribune ông không nghĩ Geffen sẽ phát hành hoàn chỉnh album.[64] Nhiều năm sau, Albini nói có lẽ ông đã bàn về tình huống này "với cái nhìn thiếu hiểu biết, vì tôi không ở bên khi ban nhạc thảo luận với hãng đĩa. Tôi chỉ biết là ... chúng tôi làm một đĩa nhạc, ai cũng hài lòng. Vài tuần sau tôi lại nghe nói nó không phát hành được và phải làm lại hết từ đầu."[65] Nhận xét của Albini trong bài báo không được nhóm nhạc hay hãng đĩa đáp trả ngay, nhưng một bài báo tương tự do tạp chí Newsweek đăng không lâu sau đó thì có.[66] Nirvana phủ nhận việc hãng đĩa gây áp lực bắt thay đổi âm thanh của album và gửi thư đến Newsweek, nói rằng tác giả bài báo đã "nhạo báng mối quan hệ giữa chúng tôi và hãng đĩa dựa trên thông tin sai lệch hoàn toàn." Ban nhạc cũng in lại thư này trên nguyên một trang quảng cáo của tờ Billboard. Rosenblatt đòi viết thông cáo báo chí tuyên bố Geffen sẽ phát hành mọi thứ ban nhạc đưa ra. Cả người sáng lập hãng David Geffen còn làm một điều trái thường là đích thân gọi điện trách Newsweek vụ bài báo.[67]

Nirvana muốn tiếp tục tu chỉnh những bài đã được thu nên cân nhắc hợp tác với nhà sản xuất Scott Litt và remix một số bài với Andy Wallace (người mix Nevermind). Albini kịch liệt phản đối, tuyên bố ban nhạc đã đồng ý sẽ không chỉnh sửa ca khúc nào mà không có ông. Ban đầu Albini không chịu đưa các băng nhạc đã master cho Gold Mountain, nhưng nhượng bộ sau khi Novoselic gọi điện đến. Cuối cùng ban nhạc để Scott Litt remix ba bài hát được dự định ra đĩa đơn. "Heart-Shaped Box" và "All Apologies" được remix tại Bad Animals Studio ở Seattle vào tháng 5 năm 1993,[68] "Pennyroyal Tea" thì vào ngày 22 tháng 11 năm 1993. Bản remix "Pennyroyal Tea" không được dùng trong album chính thức, trừ ấn bản In Utero đã được kiểm duyệt của Wal-Mart và Kmart; đây cũng là bản mix dự định được phát hành làm đĩa đơn, nhưng bị hủy. Cuối cùng, phần lớn album không bị thay đổi so với bản do Steve Albini sản xuất và mix.

Ca khúc "I Hate Myself and Want to Die" bị gạch tên khỏi danh sách cuối vì Cobain cảm thấy album đã có nhiều bài "ồn" rồi.[69] Phần còn lại của album không bị thay đổi ngoài một lần remaster ra.[70] Albini chê bản mix cuối của album, nói, "Đĩa nhạc trong tiệm nghe chẳng giống đĩa nhạc chúng tôi làm là bao, dù vẫn là họ hát và trình diễn ca khúc, và chất lượng nhạc vẫn để lại ấn tượng."[13]

Album kỷ niệm 20 năm phát hành có chứa các ca khúc bổ sung là bản mix gốc "Heart-Shaped Box" và "All Apologies" của Albini.